系统脱盐率是反渗透系统对盐的整体脱除率。
它受到温度、离子种类、回收率、膜种类以及其他各种设计因素的影响，因而不同的反渗透系统的系统脱盐率是不一样的。
①其计算公式为：
系统脱盐率= (总的给水含盐量-总的产水含盐量)/ 总的给水含盐量×100%
②有时出于方便的原因，也可以用下列公式来近似估算系统脱盐率：
系统脱盐率= (总的给水电导率-总的产水电导率)/总的给水电导率×100%
Tips：以此近似估算得到的系统脱盐率往往低于实际系统脱盐率，因而经常在反渗透系统验收时引起争议。
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