为确保三峡工程重庆库区水环境和生态安全，《方案》强调，围绕五大功能区域发展战略优化流域水生态格局，以改善水环境品质和解决群众反映突出的水环境问题为核心，供水，用改革的思路和办法，激活市场力量，实施创新驱动，软化水，推动水污染治理和环境管理现代化。
《方案》提出，长江干流重庆段水质不低于上游地区来水水质，水环境品质持续改善，纳入国家考核的断面水质达到考核要求。到2020年，在上游地区来水水质保持优良的情况下，三峡库区水质总体达到优良，饮用水安全保障水平持续提升。
为实现上述目标，《方案》明确了10个方面主要措施：优化流域水环境保护格局;深化水资源管理;保障饮用水水源安全;狠抓工业污染防治;强化城镇生活污染治理;加强农业农村污染防治;加强船舶码头污染控制;深化重点流域污染防治;加强库区水环境风险防范;强化环境执法监管。
《方案》规定，各区(县、自治县)政府是《方案》的贯彻实施主体，市政府有关部门、有关单位是落实水污染防治各自牵头工作的责任主体，各类排污单位是落实治污减排、环境风险防范等具体措施的责任主体。每年考核结果向社会公布，并作为领导班子和领导干部综合考核评价的重要依据。
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