我国生态环境功能重要区域类型多、分布广，存在着大量生态敏感和生态脆弱区域。同时，区域不平衡发展问题突出，生态功能重要区域、敏感和脆弱区域不仅承担着重要的生态功能，也背负着经济和社会发展重任，保护与发展的矛盾突出。生态补偿机制有利于推进生态环境保护从以行政手段为主向综合运用经济、技术和行政手段转变;有利于加快资源节约型、环境友好型社会建设;有利于促进绿色发展，保障生态建设的可持续性;有利于推动地区间基本公共服务均等化，净水，促进不同区域、不同利益群体的协调发展。
我国生态补偿关键问题解析
由于生态补偿涉及的利益关系复杂，实施难度较大，还存在不少矛盾和问题需要解决。从我国生态补偿实践进展来看，有些国家层面生态补偿政策已经实施多年，问题与不足逐渐显现，需优化调整;有些政策则初步建立，还需不断健全完善。
一是生态补偿管理体系不规范、不健全。以部门为主导的生态补偿，责任主体不明确，缺乏明确的分工，管理职责交叉，专项转移支付落实到县级财政后往往分块执行，各部门间可能存在利益冲突，难以充分沟通配合，较难跨区域、跨工程从整体上把握生态环境建设，资金难以形成合力。
二是生态补偿手段单一。我国生态补偿项目大多是以中央和各级政府作为制定和实施生态补偿政策的主体，政府仍然是生态产品唯一购买者，不仅造成国家的巨大财政负担，导致生态补偿财政机制缺乏稳定性、长效性，也不符合破坏者付费、使用者付费、受益者付费、保护者得到补偿的基本原则和唤醒全社会保护环境的道德意识。
三是横向生态补偿缺乏协商平台。各地的流域生态补偿实践多是在上一级政府的协调下，由补偿双方协商达成，缺少有效协调利益相关方关系的跨行政区域的合作机制，限制了横向生态补偿的开展。
四是生态补偿缺乏系统有效的监测评估机制。目前国家和地方对流域生态环境建设相关工作出台的考核评估办法往往是针对某一具体投资项目或者政策实施的某一部分特定目标，并未对某一系统性政策实施的整体效果进行全面的绩效评估。对生态补偿的绩效评估也是大
多侧重于对生态环境品质的条条评价或资金使用情况，缺乏对区域生态系统功能的整体性和系统性评价。容易出现条条评价结果好转，但整体生态环境恶化趋势没有根本性转变的状况。此外，其他必要的过程监管、相关经济社会发展政策的绿色化生态化等方面往往被忽略，试点地区都只希望提高补偿资金标准，但对得到补偿后同时应负哪些责任，通过什么手段、什么渠道来履行这些责任，资金使用及效果如何等却重视不够，生态补偿全过程监督的评估考核制度还未建立。
完善我国生态补偿制度的建议
要从源头遏制生态退化趋势，建设美丽中国，迫切需要国家重点生态功能区巩固和提高生态功能。要坚持节约优先、保护优先的基本方针，坚持在保护中发展、在发展中保护的基本要求，坚持绿色发展、循环发展、低碳发展的基本路径，坚持以改革创新的基本动力，探索建立多元化补偿机制，完善生态保护成效与资金分配挂钩的激励约束机制。形成以主体功能区定位为依据，以预防和控制突破生态保护红线为着力点，以改善生态环境品质和促进区域发展为整体目标，坚持政府主导、多方参与、全民行动、齐抓共管的生态补偿工作格局。
首先，以生态补偿提升区域发展内生动力。要完善生态补偿专项资金制度。结合归并规范专项资金工作，整合分散在条条管理中的资金，净水，软水，统筹和规范现有的农业、林业、水利、环保、住建、海洋等各部门具有生态补偿性质的各类专项资金。取消部分资金规模小、投向分散、任务已完成、失去政策依据、效益低下的专项资金。调整和整合部分使用方向相似、资金性质相近、关联性较大的专项资金。
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