业界资深人士杨光算了一笔细账，以新征收方法计算，锅炉软水，其公司增值税和所得税将净增加2800万元。“这对本身融资不足、资金短缺的环保行业是雪上加霜。”而桑德集团董事长文一波指出，该增值税改革，污水处理等相关企业都将受到影响。多家相关环保企业负责人呼吁，政策应该给予适当的调整，继续实行税收补贴，促进环保行业发展。
此前，资源综合利用增值税分为三类，即“免征增值税”“增值税即征即退”和“增值税先征后退”。上述三类归为“直接免税”一档，长期以来，政府用税收优惠鼓励企业进行污水处理。
现在看来，通知一律对资源综合利用产品和劳务，采用即征即退方式享受优惠政策。从免征到即征即退，税收风向标发生的改变，供水，让众多水务企业措手不及。
投融资行为或受影响
事实上，增值税不是一项新鲜的事物，相对而言，我国全面推行“营改增”的步骤已经落后于全球。沈瑛华指出，从整体的机制而言，增值税是比营业税更有效率的机制。沈瑛华与营改增政策制定者有过多次沟通，对营改增政策研究较深入。她表示，企业增值税的税率，并不是根据企业资质，而是依据纳税行为发生。
环保产业单位的主要业务类型简单概括包括，设备供应、建筑、投融资、设计服务等。设备供应商环保设备和材料已经在增值税的范围当中，税率为17%，设计服务税率为6%。建筑业有两个条件之一的可以按之前营业税的税率3%进行，一是施工许可证上开工日期在4月30日之前的;一是没有注明开工日期，以及没有取得许可证的，合同开工日期是4月30日之前。
营改增后，对金融行业的影响不言而喻，这也将对环保企业后期的投融资行为产生影响。36号文将金融行业归到四个篮子里：贷款服务、直接收费金融服务、保险服务和金融商品转让。36号文明确规定，纳税人购进贷款服务的进项税额不得抵扣。同时，纳税人接受贷款服务向贷款方支付的与该笔贷款直接相关的投融资顾问费、手续费、咨询费等费用，其进项税额亦不得从销项税额中抵扣。
沈瑛华表示，这里所指的贷款服务是一个大篮子，与传统意义上的贷款不完全一致，属于融资性质，不一定是银行贷款，也包括企业固定收益的货币、基金，以及理财收入等等，也是属于贷款服务。这些都将对环保企业市场并购等动作带来直接影响，这就要求企业在签订相关合同时，谨慎全面。
营改增后税负反增
而有企业则明确表示，营改增后税负不降反增，因为进项不能抵扣。北控水务集团税务经理于涛说，在TOT模式(移交—经营—移交)下，第一个“T”是政府移交过来的，没有专用发票，但“O”的运营收入却要全额缴纳增值税，无法抵扣。
中铁四局集团第三建设有限公司总会计师林用也表示，建筑业中可抵扣的主要是钢筋水泥，这在铁路、公路、房地产施工中占比较大;而环保领域的污水处理厂施工中钢筋水泥占比小，人工费用占比高，河道治理等项目更是严重，很难取得进项抵扣。
“现在环保水务施工领域本来就竞争激烈，低价中标严重，税收又抵扣不掉，造成利润减少或亏损，使得企业压力非常大。目前这一压力早体现在施工企业上，但会逐渐传导到中上游的业主。”林用说。
更多的则是政策不明确。北控水务集团税务经理于涛表示，供水，EPC(工程总承包)业务中，同一事项会牵扯到多档税率，如土建11%、设计6%，一些地方税务局认为应从高计征，而企业则希望分别核算，并在国家层面上给予明确。
还有水环境开发业务，属于BT模式(建设—移交)，原来各省出台过很多地方性政策，如大部分地区按建筑业适用，四川省按金融业适用，天津、江西则适用服务代理业。营改增后，如何交税?
在政策不明确的情况下，各地解释也不一致。北京北控环保工程技术有限公司财务经理魏永铭表示，“78号文”没有说明垃圾补贴收入的税率是多少，各地在执行中，有的按照电费征收17%的税率，有的则按市政服务征收6%的税率。
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