专项资金使用范围包括，一是中小河流治理及重点县综合整治，纯水，主要用于中小河流堤防加固和新建、河道清淤疏浚、护岸护坡、穿堤建筑物建设、拓宽整治及生态修复等;二是小型水库建设，主要用于列入相关规划的新建小型水库工程建设;三是江河湖库水系连通，水处理，主要用于江河湖库调水引流、清淤疏浚、涵闸修建及改造、生态护坡护岸、水生态系统保护与修复工程建设，优先支持水生态文明建设试点区域的江河湖库水系连通;四是水资源节约和保护，软水，主要用于水资源监控能力建设、水量水质监测仪器设备购置等。
两部门负责人强调，专项资金不得用于移民征地、城市景观、人员补贴、交通工具和办公设备购置，以及楼堂馆所建设等支出。
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