在系统正常运行一段时间后，反渗透膜元件会受到给水中可能存在的悬浮物或难溶盐的污染，这些污染中常见的是碳酸钙沉淀、硫酸钙、硫酸钡、硫酸锶沉淀、金属(铁、锰、铜、镍、铝等)氧化物沉淀、硅沉积物、无机或有机沉积混合物、NOM 天然有机物质、合成有机物(如：阻垢剂/分散剂，阳离子聚合电解质)、微生物(藻类、霉菌、真菌)等。
污染性质和污染速度取决于各种因素，如给水水质和系统回收率。通常污染是渐进发展的，如不尽早控制，污染将会在相对较短的时间内损坏膜元件。当膜元件确证已被污染，或是在长期停机之前，或是作为定期日常维护，建议对膜元件进行清洗。
当陶氏反渗透膜系统(或装置)出现以下问题时，需要进行化学清洗或物理冲洗：
在正常的给水压力条件下，温度矫正后产水量较正常值下降10-15%;
为维持正常的产水量，经温度矫正后的给水压力增加了10-15%;
产水水质降低了10-15%，透盐率增加了10-15%;
给水压力增加了10-15%;
系统各段之间压差明显增加(可能没有仪表监测该参数)。
在运行数据未标准化的情况下，如果关键参数没有改变，上述清洗原则依然可以适用。保持稳定的运行参数主要是指产水流量、产水背压、回收率、温度及TDS。如果这些运行参数起伏不定，强烈建议标准化数据以确定是否有污染发生，或者在关键运行参数有变化的之前确认反渗透系统实际运行是否正常。定时监测系统整体性能是确认膜元件是否已发生污染的基本方法。污染对膜元件的影响是渐进的，并且影响的程度取决于污染的性质。《反渗透系统故障诊断一览表》列出了常见的污染现象及其对膜性能的影响。已受污染的反渗透膜的清洗周期根据现场实际情况而定。正常的清洗周期是每3-12 个月一次。如果在1 个月以内清洗一次以上，就需要对反渗透预处理系统作进一步调整和改善，反渗透，如追加投资，或冲洗进行反渗透系统设计。
当陶氏反渗透膜膜元件仅仅是发生了轻度污染时，应及时清洗膜元件。重度污染会因阻碍化学药剂深入渗透至污染层，影响清洗效果。如果膜元件的性能降低至正常值的30-50%，锅炉软水，那么，欲完全恢复膜元件出厂时的初始性能是不可能的。
在反渗透系统设计中，可使用反渗透产品水冲刷系统中的污染物以降低清洗频率。用产品水浸泡膜元件可有助于污垢的溶解、脱落，锅炉软水，降低化学清洗的频率。
清洗何种污染物以及如何清洗要根据现场污染情况而进行。对于几种污染同时存在的复杂情况，清洗方法是采用低pH 和高pH 的清洗液交替清洗。
膜元件受到污染时，往往通过清洗的方式来恢复膜元件的性能。清洗的方式一般有两种，物理清洗(清洗)和化学清洗(药品清洗)。物理清洗(清洗)是不改变污染物的性质，使用机械性的冲刷膜元件中的污染物，恢复膜元件的性能。
化学清洗是使用相应的化学药剂，改变污染物的组成或属性，然后排出膜元件，恢复膜元件的性能吸附性低的粒子状污染物，可以通过冲洗(物理清洗)的方式达到一定的效果，像生物污染这种对膜的吸附性强的污染物使用冲洗的方法很难达到预期效果。冲洗已经很难去除污染物时，应停止装置并采用化学清洗。为了提高化学清洗的效果，清洗前，有必要通过对污染状况进行分析，确定污染的种类。在掌握污染种类、成分、数量的基础上，选择合适的清洗药品是清洗成功的关键因素。
化学清洗与物理清洗并是可以相互配合的两种清洗手段。在面对轻度污染时，采用物理清洗时添加一些化学药品可以成倍的增加清洗的效果;同样在严重污染采用化学清洗时也可以使用一些物理性的强化手段来增强化学清洗的效果。
反渗透膜清洗特别提示
本内容适用于4、6、8、8.5 英寸直径的复合聚酰胺反渗透和纳滤膜元件。
聚酰胺反渗透膜元件在任何情况下均不得与游离氯接触，游离氯氧化膜元件将使造成性的损伤。
因此，在进行管路和设备灭菌操作、使用清洗剂与储存保护剂之后均应特别注意膜系统给水中是否含有游离氯。如不确定则应进行相应检测，如存在游离氯残留物，可使用亚硫酸氢钠(SBS)将其还原，并满足反应时间以保证氧化还原反应充分进行。游离氯=1.0PPm 时需添加亚硫酸氢钠(SBS) 1.8-3.0ppm。
在清洗溶液中，应避免使用阳离子表面活性剂及两性表面活性剂。使用这些药品与膜元件接触后，可能导致膜元件产水量不可逆转的下降。
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