在正常运行一段时间后，反渗透膜元个会受到在给水中可能存在的悬浮物质或难溶物质的污染，这些污染物中常见的为碳酸钙垢、硫酸钙垢、金属氧化物垢、硅沉积物及有机或生物沉积物。
1 碳酸钙垢
在阻垢剂添加系统出现故障时或加酸系统出现而导致给水 PH 升高，那么碳酸钙就有可能沉积，出来，应尽早发现碳酸钙垢沉淀的发生，以防止生长的晶体对膜表面产生损伤，如早期发现碳酸钙垢，可以用降低给水 PH 至 3.0 ～ 5.0 之间运行 1 ～ 2 小时的方法去除。对沉淀时间更长的碳酸钙垢，则应采用柠檬酸清洗液进行循环清洗或通宵浸泡。
注：应确保任何清洗液的 PH 不要低于 2.0 ，否则可能会RO膜元件造成损害，特别是在温度较高时更应注意，高的 PH 不应高于11.0。查使用氨水来提PH ，使用硫酸或盐酸来降低PH值。
2 硫酸钙垢
清洗液是将硫酸钙垢从反渗透膜表面去除掉的佳方法。
3 金属氧化物垢
可以使用上面所述的去除碳酸钙垢的方法，很容易地去除沉积下来的氢氧化物 ( 例如氢氧化铁 ) 。
4 硅垢
对于不是与金属化物或有机物共生的硅垢，一般只有通过专门的清洗方法才能将他们去除，有关的详细方法清与海德能公司联系。
5 有机沉积物
有机沉积物 ( 例如微生物粘泥或霉斑 ) 可以使用清洗液 3 去除，为了防止再繁殖，净水，可使用经海德能公司认可的sha菌溶液在系统中循环、浸泡，一般需较长时间浸泡才能有效，如反渗透装置停用三天时，好采用消毒处理确定适宜的sha菌剂。
6 清洗液
清洗反渗透膜元件时建议采用表 2 所列的清洗液。确定清洗前对污染物进行化学分析十分重要的，纯水，对分析结果的详细分析比较，可保证选择佳的清洗剂及清洗方法，应记录每次清洗时清洗方法及获得的清洗效果，变频供水，为在特定给水条件下，找出佳的清洗方法提供依据。
对于无机污染物建议使用清洗液
1 对于硫酸钙及有机物建议使用清洗液
2 对于严重有机物污染建议使用清洗液
3 所有清洗可以在高温度为华氏 104 度 ( 摄氏 40℃) 下清洗 60 分钟，所需用品量以每 100 加仑 (379 升 ) 中加入量计，配制清洗液时按比例加入药品及清洗用水，应采用不含游离氯的反渗透产品水来配制溶液并混合均匀。
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